MASTER 2-IPFB
SEMESTRE 1
​
S1
M2
Un des atouts de la formation M2IPFB est que l’enseignement est dispensé sur les sites des plates-formes en biologie situées en Ile de France.
Pour chaque discipline, plusieurs sites participent à la formation.
Les enseignements sont faits par 70% de professionnels.
​
Biologie des plates-formes :
​​
Objectifs en termes de connaissances :
- Utiliser les concepts de biologie moléculaire et cellulaire et de génétique dans les plates-formes en biologie dans les domaines des omiques, du TILLING, de l'imagerie et de la cytométrie.
- Etre capable de dialoguer et d'échanger avec les spécialistes.
Contenu :
- Séminaires scientifiques dans les domaines des omiques, du TILLING, de l'imagerie et de la cytométrie.
- Choix des systèmes pour répondre à une problématique biologique dans un ou plusieurs domaines (compréhension de la problématique biologique, proposition d’un plan expérimental, combinaison appropriée de systèmes pour répondre à la problématique)
- Préparation en groupe et présentation des thèmes de biologie
FORMATION SCIENTIFIQUE PLURIDISCIPLINAIRE
S1
M2
​
Production et gestion des Big Data en biologie :
​​
Objectifs en termes de connaissances :
Développer des algorithmes appropriés pour exploiter les données de Big Data.
Contenu :
- Concepts des Big Data et de l’apprentissage automatique sur les plates-formes
- Algorithmes du Big Data (systèmes de compression et d’indexation, réseau, stockage, puissance de calcul, …)
- Véracité des informations
- Préparation et présentation d’un projet de Big Data
Physique optique :
Objectifs en termes de connaissances :
Développer les concepts de physique optique en lien avec l'imagerie.
​
Contenu :
- La lumière et ses propriétés
- La fluorescence
- Optique géométrique (image 3D)
- Optique de Fourier
- Instrumentation de l’optique
​
Biophysique des technologies omiques :
​​
Objectifs en termes de connaissances :
Apprendre les concepts et les techniques développées autour de la molécule unique et cellule unique.
Contenu :
- Conférences autour de la molécule unique et de la cellule unique.
- Approches expérimentales à mettre en oeuvre.
S1
M2
FORMATION AUX TECHNOLOGIES
DE PLATES-FORMES EN BIOLOGIE I
​
Omiques 2 :
​​
Objectifs en termes de connaissances :
Gestion de projets de génomique, transcriptomique et épigénomique.
Contenu :
- Conférences dans les domaines de génomique, transcriptomique et épigénomique
- Cours théoriques et pratiques sur différentes plates-formes dans les domaines de génomique et transcriptomique (puces à ADN, PCR quantitative, transcriptome, NGS, qualité des échantillons, analyse des données) et épigénomique (méthylation ADN, accessibilité et structure 3D de la chromatine, modification des histones, sites de fixation d’un facteur de transcription ou d’un ARN non codant)
MASTER 2-IPFB
SEMESTRE 2
​
S2
M2
(= SEMESTRE 4 DU MASTER BI PARCOURS IPFB)
​
Omiques 3 :
​​
Objectifs en termes de connaissances :
Gestion de projets de protéomique, production et caractérisation de protéines et métabolomique.
Contenu :
- Conférences dans les domaines de protéomique, production et caractérisation de protéines et métabolomique
- Cours théoriques et pratiques sur différentes plates-formes dans les domaines de protéomique (spectrométrie de masse (LC/MSMSMS, Orbitrap,méthodes d’analyses), de production et caractérisation de protéines (caractéristiques physiques, cristallographie,…) et de métabolomique (Profilage non-biaisé d’échantillons biologiques par UHPLC/q-Exactive. spectromètre de masse haute résolution couplé à une chromatographie ultra haute performance, technique MRM (multiple reaction monitoring), éucidation structurale par MS Haute Résolution, analyse quantitative, …)
FORMATION AUX TECHNOLOGIES
DE PLATES-FORMES EN BIOLOGIE II
S2
M2
​
traitement du signal et des images approfondi :
​​
Objectifs en termes de connaissances :
Apprendre des nouvelles méthodes numériques de simulation pour le traitement du signal et des images.
Contenu :
- Fréquentiel
- Intelligence artificielle
- Imagerie dynamique
- Projets de traitement d’images
​
Imagerie et cytométrie :
​​
Objectifs en termes de connaissances :
Gestion de projets de l'imagerie photonique, microscopie électronique et corrélative, l'imagerie du petit animal et de la cytométrie
Contenu :
- Conférences dans les domaines de l'imagerie photonique, microscopie électronique et corrélative, l'imagerie du petit animal et de la cytométrie
- Cours théoriques et pratiques sur différentes plates-formes dans les domaines :
• Imagerie photonique (microscopie confocale, plein champ, TIRF, Multiphotons, Super résolution (PALM STORM SIM STED) FRAP FRET FLIM SPIM)
• Microscopie électronique (microscopie transmission, balayage, corrélative, ultracryomicrotome, immunomarquage, fixation chimique ou haute pression)
• Imagerie du petit animal (risques biologiques, échographie, iRPE, Scanner X,
bioluminescence, IRM)
• Cytométrie (analyseur, trieur, immunomarquages multiples, Imagerie en flux,
cytométrie sur microbilles, fluidique)
MANAGEMENT, ADMINISTRATION ET
GESTION DE
PLATES-FORMES EN BIOLOGIE
S2
M2
​
​​
​
​
Objectifs en termes de connaissances :
Apprendre des concepts du management, de l’administration et gestion de plates-formes.
Contenu :
- Outils d’administration d’une plate-forme
- Cahier des charges
- Tarification plate-forme
- Comptabilité générale et analytique
- Marchés publics
- Propriété intellectuelle
- Contrats
- Qualité
- Hygiène et sécurité
- Management
- Projet professionnel
- Thématiques de plate-forme
